IFSM telah menjadi anggota sejak tahun 1976.
Federasi Internasional Masyarakat Mikroskopi dibentuk oleh ICSU pada tahun 1951 sebagai Komisi Gabungan untuk Mikroskop Elektron. Federasi ini menjadi federasi independen, dengan tujuan untuk memajukan kerja sama internasional antar ahli mikroskop, pada tahun 1955. Federasi ini memiliki tiga Komite Regional, 38 Perhimpunan Anggota nasional, dan 6 Perhimpunan Anggota Asosiasi nasional.
